A história reconta os eventos dos três primeiros jogos, em uma linha do tempo alternativa em que Raiden recebe uma mensagem de si mesmo no futuro primordial após a Batalha do Armageddon e Shao Kahn se tornou o líder supremo de todos os reinos. Devido a esse enredo, os personagens e os cenários presentes são os clássicos, trazendo o antigo para o novo e iniciando mais um conflito.
Nesta edição de Mortal Kombat, toda mecânica do game foi reformulada, deixando os golpes mais fiéis à realidade, cada botão agora tem um membro definido para realizar o movimento, trazendo agora combinações das técnicas de artes marciais. Quatro lutadores chegam para disputar o torneio: Skarlet, Rain, Kenshi e o Freddy Krueger, além de 15 clássicos uniformes para os personagens mais famosos.
